Grupa za biokemijska istraživanja

Područje istraživanja:

– Enzimska kataliza
– Proteinske interakcije, oligomerni proteini
– Dinamika proteinske konformacije
– Biokemijska istraživanja s primjenom u biomedicini

Opis istraživanja:

Grupa provodi istraživanja neribosomskih peptid-sintetaza, s fokusom na konformacijske promjene proteina koje nastupaju uslijed vezanja supstrata. Poznavanje ovog procesa od važnosti je za dizajn proteina s promijenjenim svojstvima, usmjeren na sintezu novih biološki aktivnih peptida. U suradnji s istraživačima s drugih ustanova, provode se istraživanja molekularnih mehanizama nastanka raka mokraćnog mjehura, istraživanja specifičnih staničnih procesa poput autofagije s naglaskom na proučavanje proteina-receptora koji sudjeluju u uklanjanju oštećenih mitohondrija, kao i uloge specifičnih proteina u replikaciji molekule DNA. U svakodnevnom eksperimentalnom radu grupa koristi se raznim molekularno-biokemijskim te biofizikalnim metodama (PCR, kloniranje gena, mutageneza, ekspresija i pročišćavanje proteina, elektroforeza DNA, elektroforeza proteina, spektrofotometrija, fluorescencijska spektroskopija itd.).

Kontakti s akademskim i drugim institucijama:

– Medicinski fakultet Sveučilišta u Splitu
– Kemijsko-tehnološki fakultet u Splitu
– Institut za jadranske kulture i melioraciju krša u Splitu

Opis dosadašnje suradnje:

Doc. dr. sc. Viljemka Bučević Popović je suradnik na projektu Hrvatske zaklade za znanost „Uloga upale u razvoju raka mokraćnog mjehura“ (voditelj: prof. dr. sc. Janoš Terzić, Medicinski fakultet u Splitu). Uključena je u interdisciplinarna istraživanja koja se provode u suradnji s istraživačima Kemijsko-tehnološkog fakulteta i Instituta za jadranske kulture i melioraciju krša, a koja su rezultirala zajedničkim objavljenim radovima.
Dr. sc. Matilda Šprung je suradnik na projektu Hrvatske zaklade za znanost „Uloga proteina SPARTAN u DNA replikaciji“ (voditelj: izv. prof. Ivane Marinović Terzić, Medicinski fakultet u Splitu). Na istraživanjima autofagije surađuje s grupom koju predvodi izv. prof. Ivana Novak-Nakir s Medicinskog fakulteta u Splitu.

Planovi budućih istraživanja:

Članovi grupe za biokemijska istraživanja imaju dugogodišnje iskustvo u eksperimentalnim istraživanjima u području proteinske kemije, te su ona predmet kako trenutnih tako i planiranih budućih istraživanja. U laboratorijima Odjela za kemiju provodi se kloniranje gena, ekspresija rekombinantih proteina, te njihovo pročišćavanje kromatografijom na FPLC-u. Za karakterizaciju proteina koriste se spektroskopske tehnike određivanja enzimske aktivnosti, elektroforetske metode te fluorescencijska spektroskopija. Opremljenost laboratorija i dosadašnje uspješne suradnje na različitim projektima, otvaraju mogućnost suradnje na različitim interdisciplinarnim projektima u sklopu kojih se provode biokemijska istraživanja.

Popis odabranih znanstvenih radova:

1. Zorić, Z., Markić, J., Pedisić, S., Bučević-Popović, V., Generalić Mekinić, I., Grebenar, K., Kulišić- Bilušić, T. (2016) Stability of rosmarinic acid in aqueous extracts from different Lamiaceae species after in vitro digestion with human gastrointestinal enzymes. Food Technology and Biotechnology. 54 (1), 97-102.
2. Soldo, B., Šprung, M., Mušac, G., Pavela-Vrančić, M., Ljubenkov, I. (2016) Evaluation of olive fruit lipoxygenase extraction protocols on 9- and 13-Z, E-HPODE formation. Molecules. 21 (4), 506-515.
3. Lepen Pleić, I., Bušelić, I., Trumbić, Ž., Bočina, I., Šprung, M., Mladineo, I. (2015) Expression analysis of the Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus) pro-inflammatory cytokines, IL-1β, TNFα1 and TNFα2 in response to parasites Pseudocycnus appendiculatus (Copepoda) and Didymosulcus katsuwonicola (Digenea). Fish & Shellfish Immunology. 45 (2), 946-954.
4. Bučević-Popović, V., Delaš, I., Međugorac, S., Pavela-Vrančić, M., Kulišić-Bilušić, T. (2014) Oxidative stability and antioxidant activity of bovine, caprine, ovine and asinine milk. International Journal of Dairy Technology. 67 (3), 394-401.
5. Paradžik, M., Bučević-Popović, V., Šitum, M., Jaing, C. J., Degoricija, M., McLoughlin, K. S., Ismail, S. I., Punda-Polić, V., Terzić, J. (2014) Association of Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) with bladder cancer in Croatian patients. Tumor Biology. 35, 567-572.
6. Šprung, M., Bučević-Popović, V., Soldo, B., Pavela-Vrančić, M., Orhanović, S. (2013) Influence of subunit interface mutations on kinetic and dynamic properties of alkaline phosphatase from E. coli. Croatica Chemica Acta. 86 (2), 165-170.
7. Bedenić, B., Vraneš, J., Hofmann-Thiel, S., Tonkić, M., Novak, A., Bučević-Popović, V., Hoffmann, H. (2012) Characterization of the extended-spectrum-beta-lactamases and determination of virulence factors of uropathogenic Escherichia coli strains isolated from children. Wiener Klinische Wochenschrift. 124 (15/16), 504-515.
8. Bučević Popović, V., Šprung, M., Soldo, B., Pavela-Vrančić, M. (2012) The A9 core sequence from NRPS adenylation domain is relevant for thioester formation. ChemBioChem. 13 (13), 1913-1920.
9. Maravić, A., Skočibušić, M., Šprung, M., Šamanić, I., Puizina, J., Pavela-Vrančić, M. (2012) Occurrence and antibiotic susceptibility profiles of Burkholderia cepacia complex in coastal marine environment. International Journal of Environmental Health Research. 22 (6), 531-542.
10. Goreta, S., Bučević-Popović, V., Vuletin Selak, G., Pavela-Vrančić, M., Perica, S. (2008) Vegetative growth, superoxide dismutase activity, and ion concentration of salt stressed watermelon as influenced by rootstock. The Journal of Agricultural Science. 146 (6), 695-704.
11. Goreta, S., Bučević-Popović, V., Pavela-Vrančić, M., Perica, S. (2007) Salinity-induced changes in growth, superoxide dismutase activity, and ion content of two olive cultivars. Journal of Plant Nutrition and Soil Science – Zeitschrift fur Pflanzenernahrung und Bodenkunde. 170 (3), 398-403.
12. Boraska, V., Terzić, J., Škrabić, V., Čačev, T., Bučević-Popović, V., Peruzović, M., Markotić, A., Zemunik, T. (2006) NeuroD1 gene and interleukin-18 gene polymorphisms in type 1 diabetes in Dalmatian population of Southern Croatia. Croatian Medical Journal. 47 (4), 571-578.
13. Bučević-Popović, V., Pavela-Vrančič, M., Dieckmann, R., von Döhren, H. (2006) Relationship between activating and editing functions of the adenylation domain of apo-tyrocidin synthetase 1 (apo-TY1). Biochimie. 88 (3-4), 265-270.
14. Orhanović, S., Bučević-Popović, V., Pavela-Vrančič, M., Vujaklija, D., Gamulin, V. (2006) Effect of a Thr81→ Ala mutation at the subunit interface on catalytic properties of alkaline phosphatase from Escherichia coli. International Journal of Biological Macromolecules. 40 (1), 54-58.
15. Bučević-Popović, V., Pavela-Vrančič, M., Dieckmann, R. (2004) Metal-ion induced conformational changes in alkaline phosphatase from E. coli assessed by limited proteolysis. Biochimie. 86 (6), 403-409.

Područja pametne specijalizacije

Tematsko prioritetno područje ZDRAVLJE I KVALITETA ŽIVOTA
Potpodručje Farmaceutika, biofarmaceutika, medicinska oprema i uređajie
Indikativne IRI teme:
otkriće i razvoj lijekova za ljude i životinje – novi kemijski i biotehnološki entiteti, novi postupci kemijske sinteze za generičke tvari, proizvode ili nove entitete (tj. molekule pod patentnom zaštitom)

Tematsko prioritetno područje HRANA I BIOEKONOMIJA
Potpodručje Održiva proizvodnja i prerada hrane
Indikativne IRI teme:
biotehnologija i genetsko poboljšanje biljaka, životinja i mikroorganizama